Организация научно-исследовательской работы осуществляется под руководством и контролем директората, Ученого совета и Экспертного совета Башкирского института физической культуры (филиала) ФГБОУ ВО «УралГУФК».
Основными принципами научной и инновационной деятельности института являются:
- единство научного и образовательного процессов, их направленность на подготовку высококвалифицированных специалистов;
- оптимальное сочетание регулирования со стороны директората и самоуправления кафедр в научной и инновационной деятельности;
- концентрация ресурсов института на приоритетных направлениях исследований;
- поддержка и развитие научно-исследовательского творчества студентов;
- поддержка ведущих ученых, способных обеспечить высокий уровень научных исследований;
- ориентация учебно-научно-инновационного комплекса системы образования на проведение полного цикла исследований и разработок, заканчивающихся созданием готовой продукции.
Основными направлениями научно-исследовательской работы Башкирского института физической культуры (филиала) ФГБОУ ВО «УралГУФК» являются:
- управление многолетним тренировочным процессом в спортивной деятельности;
- сохранение здоровья и повышение адаптационных возможностей в профессиональной спортивной деятельности;
- адаптация женского организма к экстремальным физическим нагрузкам;
- механизмы обеспечения работоспособности в спорте инвалидов;
- менеджмент и маркетинговые исследования в сфере физической культуры и спорта, социально-культурного сервиса и туризма.
Утвержденные направления научных изысканий соответствуют профилю подготовки специалистов-выпускников Башкирского института физической культуры (филиала) «УралГУФК». Основные выводы и рекомендации, полученные учеными в ходе научных изысканий, используются как в учебном процессе, так и на курсах повышения квалификации практических работников и преподавательского состава.